دادگاه و دادسرای ویژه روحانیت یكی دیگر از نهادهایی است كه پس از پیروزی انقلاب اسلامی به فرمان امام خمینی (ره) تشكیل شد. نطفه‌ی تشكیل نهاد قضایی ویژه‌ی روحانیون را باید پیام امام خمینی (ره) در مورخه‌ی سوم خرداد 1358 دانست. روحانیون كه در دوران مبارزه علیه رژیم پهلوی نقش محوری در بیداری مردم و هدایت نهضت انقلابی برعهده داشتند، پس از پیروزی انقلاب جایگاه و نفوذ مؤثرتری در كلیه‌ی شئون كشور پیدا كردند. این وضعیت مسائل قضایی خاصی را نیز به دنبال داشت؛ از یك طرف عده‌ای تحت عنوان «روحانی‌نما» درصدد سوءاستفاده از مقام و عنوان روحانی برآمدند و از طرف دیگر، عده‌ای تحت عنوان تصفیه، به سركوب و تضعیف روحانیون، مبادرت كردند. این عوامل زمینه‌ی صدور پیام مورخه‌ی سوم خرداد 1358 گردید:

«... با آنكه در اسلام برای مجازات مجرمین، فرقی میان گروه‌ها نیست و همه در مقابل قانون، برابر هستند، باید مجرمینی كه با پوشیدن لباس روحانیت، خود را در این صف وارد كرده‌اند، به مجازات برسند. لكن به طوری كه اطلاع می‌دهند، عده‌ای مخالف اسلام و روحانیت درصدد هستند كه به اسم تصفیه، روحانیت را بكوبند... لهذا لازم است به تذكرات زیر توجه گردد.

نظر به اینكه روحانیون، از حال معممین بهتر آگاه هستند، در شهرستان‌ها به‌وسیله‌ی علمای اعلام درجه‌ی اول، هیئت‌هایی مركب از سه نفر اهل علم مورد وثوق و دو نفر از معتمدین محل، تشكیل و مأموریت رسیدگی به پرونده‌های اشخاص، به صورت روحانی یا اهل منبر را به آنان بدهند و پس از ثبوت جرم، شرعاً تحت‌نظر دادگاه انقلاب اسلامی به مجازات برسند. 2ـ هیچ كس و هیچ گروهی حق ندارد متعرض معممین بشود و به روحانیون اهانت كند. در صورت تخلف، دادگاه انقلاب محل موظف است او را تعقیب و مجازات كند...» (صحیفه‌ی امام، ج 7، 466).

در راستای پیام مزبور در اغلب شهرستان‌ها هیئت‌هایی تشكیل شد كه در آغاز به جرایم روحانیون وابسته به دربار و مداحان خاندان پهلوی و همچنین روحانیونی كه با ساواك همكاری داشتند، رسیدگی می‌كرد و بسیاری از این اشخاص را به خلع لباس و ممنوعیت از وعظ و منبر محكوم كردند (محمد زمان دریاباری، 81). درگام بعد و از اوایل سال 1359 تشكیلات مزبور، با انضباط بیشتر و تحت‌نظر دادگاه انقلاب عمل می‌كردند. در اواخر سال 1360 دادگاه ویژه‌ی روحانیت در قم تشكیل شد و دادستان كل وقت، آقای موسوی تبریزی طی بخشنامه‌ای از تمامی محاكم خواست كه كلیه‌ی پرونده‌های روحانیون را به دادگاه ویژه‌ی روحانیت قم ارسال نمایند و سپس به دلیل كمبود امكانات و نیرو طی بخشنامه‌ای اعلام شد كه محاكم دادگستری، صلاحیت ذاتی برای رسیدگی به جرایم روحانیون را دارد، ولی دادگاه ویژه هر پرونده‌ای را كه تقاضا كرد باید ارسال شود (همان، 82) ولی در این مرحله به دلیل حجم زیاد كار و اعتراضاتی كه از سوی محكومین دادگاه ویژه‌ی روحانیت قم می‌شد، این تشكیلات در سال 1364 منحل شد (محمد محمدی ری‌شهری، 251).

مرحله‌ی دوم تشكیل و حیات دادگاه و دادسرای ویژه‌ی روحانیت از سال 1365 آغاز شد. آنچه سبب استقرار دوباره‌ی دادگاه ویژه اعلام شده، رسیدگی به پرونده‌ی مهدی هاشمی بود. مهدی هاشمی كه به اتهامات قتل (پیش از پیروزی انقلاب) آدم‌ربایی و قتل بعد از انقلاب و... تحت تعقیب قرار گرفته بود، به دلیل وابستگی به بیت آیت‌الله منتظری، تعقیب و محاكمه‌‌ی وی در دادگاه‌های عمومی و انقلاب به دلیل اعمال فشارها و نفوذ مشكل بود (همان، 53 ـ 55).

تأسیس رسمی دادگاه ویژه در مورخه‌ی 25 خرداد 1366 بود كه حضرت امام طی نامه‌ای علی فلاحیان را به سمت دادستان دادسرای ویژه‌ی روحانیت برگزید.

«نظر به حفظ و لزوم شئون روحانیت و حوزه‌های علمیه، جنابعالی را با حفظ سمت، به عنوان دادستان دادسرای ویژه‌ی روحانیت منصوب می‌نمایم تا بر طبق موازین شرع مقدس، به جرایم روحانی‌نمایان و دین به دنیافروشان رسیدگی نمایید. ضمناً كلیه‌ی دادگاه‌ها و دادسراها موظفند تا با ارسال پرونده‌های درخواستی كه در حدود اختیارات این دادگاه و این دادسراست، به شما كمك نمایند...» (نشریه‌ی كانون وكلا، شماره‌ی 152 و 153، 350).

در همین تاریخ امام (ره) طی حكمی علی رازینی را نیز به سمت حاكم شرع دادگاه ویژه‌ی روحانیت منصوب نمودند. آنچه از احكام مزبور برمی‌آید این است كه دادسرا و دادگاه ویژه‌ی روحانیت در این مرحله، تشكیلاتی مستقل از قوه‌ی قضاییه بود و صلاحیت آن نیز بنا به درخواست رئیس دادگاه ویژه از حوزه‌ی قضایی قم و تهران فراتر رفت. علاوه براین، صلاحیت این دادگاه، به رسیدگی به تمام جرایم روحانیون گسترش پیدا كرد؛  در ضمن شركا و معاونین جرم، در صورتی كه مجرم اصلی روحانی باشد، در دادگاه ویژه محاكمه می‌شوند. خلاصه آنكه، در نامه‌ی رئیس دادگاه ویژه خواسته شده بود كه این دادسرا و دادگاه بر طبق ضوابط شرعی عمل نمایند. به عبارت دیگر مستند و مبنای احكام و آیین دادرسی در این دادسرا و دادگاه، نه قوانین موضوعه بلكه ضوابط شرعی باشد (محمد زمان دریاباری، 93). گام بعدی در تثبیت دادسرا و دادگاه ویژه، تصویب آیین‌نامه‌ی دادسراها و دادگاه‌های ویژه‌ی روحانیت در مرداد 1369 بود. در این آیین‌نامه، نحوه‌ی رسیدگی، تشكیلات و ساختار دادگاه ویژه مشخص شد. این آیین‌نامه را كه مقامات دادسرای ویژه تنظیم كردند، پس از تصویب مقام رهبری اعتبار قانونی یافت و به این ترتیب، دادسرا و دادگاه ویژه‌ی روحانیت تكیه‌گاه قانونی یافت. به دنبال تصویب این آیین‌نامه، تشكیلات دادسرا و دادگاه ویژه گسترش پیدا كرد و با تعیین حجت‌الاسلام سلیمی به سمت ریاست شعبه‌ی دوم دادگاه ویژه مورخه‌ی 16/8/1369 این دادگاه به دو شعبه گسترش یافت.

ماده‌ی 1 آیین‌نامه‌ی مذكور، هدف از تشكیل دادسرا و دادگاه ویژه را «پیشگیری از نفوذ افراد منحرف و تبهكار در حوزه‌های علمیه، حفظ حیثیت روحانیت و به كیفر رسانیدن روحانیون متخلف» اعلام كرده بود. ماده‌ی 2 وظایف دادسرا و دادگاه ویژه را به شرح زیر اعلام می‌كند:

1ـ اقدامات لازم جهت پیشگیری از وقوع تخلفات و جرایم در محدوده‌ی مسائل قضایی؛

2ـ ارشاد در امور خلاف شأن؛

3ـ رسیدگی به جرایم روحانیون و پرونده‌هایی كه به نحو مؤثری با اهداف این دادسرا، مرتبطند.

ماده‌ی 13 آیین‌نامه نیز صلاحیت دادسراها و دادگاه‌های ویژه را به شرح زیر اعلام كرده بود:

1ـ كلیه‌ی جرایم عمومی روحانیون؛

2ـ كلیه‌ی اعمال خلاف شأن روحانیون؛

3ـ كلیه‌ی اختلافات محلی مخلّ به امنیت عمومی؛

4ـ كلیه‌ی اموری كه از طرف مقام معظم رهبری برای رسیدگی به آن مأموریت داده می‌شود.

ماده‌ی 9 آیین‌نامه نیز گستره و پراكندگی واحدهای دادسرای ویژه را به ده حوزه‌ی قضایی: 1ـ تهران، 2ـ قم، 3ـ مشهد، 4ـ اصفهان، 5ـ شیراز، 6ـ تبریز، 7ـ ساری، 8ـ اهواز، 9ـ كرمان، 10ـ همدان تقسیم نمود.

به لحاظ جایگاه حقوقی، دادسرا و دادگاه ویژه از حیث لزوم بقا و ادامه‌ی حیات و نیز نظارت عالیه و عزل و نصب مقامات، تحت ریاست عالیه‌ی مقام رهبری است. ماده‌ی 528 قانون آیین دادرسی مدنی مصوب سال 1379 چنین مقرر داشته است:

«دادسرا و دادگاه ویژه‌ی روحانیت كه براساس دستور ولایت، رهبر كبیر انقلاب، امام خمینی (ره) تشكیل گردیده، طبق اصول 5 و 57 قانون اساسی، تا زمانی كه رهبر معظم انقلاب اسلامی، ادامه‌ی كار آن را مصلحت بدانند، به جرایم اشخاص روحانی، رسیدگی خواهد كرد و پرداخت حقوق و مزایای قضات و كاركنان آن، تابع مقررات مربوطه به قوه‌ی قضائیه است».

ماده‌ی اول آیین‌نامه‌ی مصوب 1369 نیز، تشكیلات دادسرا و دادگاه ویژه‌ی روحانیت را تحت نظارت عالیه‌ی مقام رهبری دانسته كه این نظارت خود شامل ابعاد مختلفی است. عزل و نصب مقامات دادسرا و دادگاه برعهده‌ی مقام رهبری است.

ماده‌ی 3 آیین‌نامه‌ی مزبور مقرر می‌دارد: «دادستان ویژه‌ی روحانیت توسط مقام معظم رهبری منصوب خواهد شد. او نیز اختیار عزل و نصب دادستان‌ها و دادیاران دادسراهای ویژه‌ی شهرستان را برعهده دارد». ماده‌ی 10 آیین‌نامه نیز مقرر می‌دارد: «حاكم شرع شعبه‌ی اول دادگاه ویژه‌ی روحانیت، از سوی مقام معظم رهبری منصوب می‌گردد».

و طبق ماده‌ی 11 آیین‌نامه: «سایر قضات دادگاه، حسب مورد، طبق نظر مقام معظم رهبری نصب می‌گردند».